持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼进，就在快被龙卷风卷入时，随着“帝牙卢卡，拜托了！”的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的帝牙卢卡出现了。这位名叫“希娜”的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关于被称为诞生一切的幻之神奇宝贝“阿尔宙斯”的古老传说…。

男孩乔治·菲姆的父亲在一次试飞中因事故身亡，从此爱打篮球的乔治性格变得内向寡言，在学校经常被同学嘲讽和取笑。在搬家的路上他遇见了金毛猎犬巴迪，它刚刚摆脱主人的虐待。乔治回家以后，在后院的篮球场上打篮球的时候再次遇见巴迪，并发现巴迪也喜欢玩篮球。后来他将巴迪带回家，开始了新的生活。他的性格开始发生了转变。偶然的一次交谈中，他发现和自己一起打扫卫生的黑人大叔居然是曾经的著名球星阿瑟。阿瑟使他的球技蒸蒸日上，并教会了他很多做人的道理。在一次比赛中，巴迪的主人在电视上看到了这只会打篮球的狗原来就是他的，于是前往领

汤姆是纽约一家非常有名的建筑公司的老板。近来他一直为一件事头疼，就是与他合作了多年的搭档马特，和那位很招人喜欢的新雇员托尼之间越来越水火不容。他必须在两者之间做出一个选择。在托尼终于被解雇后，马特竟然也失踪了，汤姆开始怀疑也许是曾经被判刑的托尼策划了整个事件……

游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游

游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游

叛出洪武门后，江羽掩盖身份，与落日山脉中打怪升级，偶遇远古遗迹，江羽借助不死之身，闯入遗迹，通过考验，得到莫大奖赏，却不知道这是个阴谋。原来，这座遗迹是一尊远古仙人陨落之地，在寻求高天赋者夺舍，可惜江羽为不死之身，根本无法被夺舍，最终江羽收服远古仙人，并阴差阳错将他灵魂封印到一条狗身上……