《命运石之门》的TV动画完结后，按业界惯例在最后公布了剧场版制作的消息。其实在播出前，5pb的社长志仓千代丸就在推特上公布了这个消息。剧场版为原创剧情 ，时间点是在故事完结前。

自称为“狂妄的疯狂科学家”，至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎。他与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的，是即使多次过去改变（世界线移动）也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光，是不论谁也不会死亡的未来，称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团，冈部终于到达了“命运石之门”。可是，跨越了众多世界线的冈部的头脑，开始出现了庞大的”负荷”……