白虎与黑兽——中岛敦与芥川龙之介并肩作战，在与弗朗西斯·F的决战中得胜，与自大国袭来的“组合（Guild）”之间的巨大异能战争宣告结束。“武装侦探社”与“港口黑手党”在此战中缔结的休战协定仍在继续，而从他们引发的毁灭危机中幸存下来的横滨，今天也在路边上演名为日常的物语。但海外犯罪组织流入的传言，以及“组合（Guild）”残党的影子仍在此地若隐若现……。另一方面，太宰治对于“魔人”觉醒、新的灾厄开始感到担忧。在暗渠中蠢蠢欲动的，是盗贼团“死屋之鼠”的头目，费奥多尔·D。其令人恐惧的谋略，终于露出獠牙！

1971年时，邪恶的修卡组织命令科学家百濑龙之介做实验，将人类改造成怪物。龙之介不愿再助纣为虐，于是修卡组织利用龙之介释放出恶魔迪亚波罗后，将其流放至宇宙，龙之介意外通过黑洞穿梭至2071年的未来世界，发现那时世界已经由恶魔迪亚波罗掌控，为了拯救世界，他使用回旋加速驱动器来到了2021年，打算与自己的儿子秀夫合作，对抗迪亚波罗。但秀夫不愿原谅抛妻弃子的父亲，局面陷入了僵持。五十岚一辉、神山飞羽真、狩崎还有各位假面骑士，纷纷挺身而出对抗邪恶势力。秀夫最终也被亲情感化，原谅了父亲龙之介，父子俩成功变身为假面骑