某天，一个叫“灵狐超人”的神秘超人放出怪兽，企图抢夺维持智能次元平稳运作的关键核心“智能终端”。为了保护智能终端，铠兽超人们一次次出动，与灵狐超人斗智斗勇，守护城市安全。可就在一次对抗中，阿呜意外发现灵狐超人的真实身份竟然是自己班上刚来的转学生沐雪。而真正想要智能终端的，其实是一个叫做波尔的人。波尔他为了自己的私欲，欺骗并逼迫沐雪帮他做事。在阿呜等人的帮助下，沐雪看清了波尔的真面目， 迷途知返。最终，阿呜等人和沐雪一起粉碎了波尔的阴谋，成功保住了智能终端，也守护了城市和智能次元的和平。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯

2095年，纽约市上空突然出现了来历不明的金字塔飞行物体，没有人知道里面藏着什么。事实上，藏身其中的就是埃及诸神，其中还禁闭着一个被诸神判刑的鹰头人身神袛--太阳神何若斯。因为太阳神只剩下七天可活，为了延长他不朽的神力，他逃离金字塔，朝混乱的尘世而来，寻找一对可以生育的男女，延续他的不朽。由于太阳神是鹰头人身的怪物，所以他必须先找到一名凡人与之合体，才能藉助该人的身体为其延续后代。