梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦…

故事以游戏为基础，是前作D.C.53年之后的故事。故事中两位女主角朝仓音姬和朝仓由梦是前作主角的孙女，但动画以女主角之一的月岛小恋与主角交往为开头，以游戏剧情的天枷美夏路线为结尾。

在樱花全年都盛开的初音岛上。岛上风见学院里上学的樱内义之，寄住在学园长芳乃樱的家里，在学园里和同学们过着充实的每一天。在这平常的日子里，不知道从什么时候开始他那甜蜜而酸涩的恋爱故事开始了

故事发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛——初音岛。主人公朝仓纯一在岛上的风见学园上学，他拥有在睡觉时能看到别人梦境的奇异能力，还能使用由魔法使老奶奶所教授的能变出点心的小魔法。早上起床到风见学园上学，遇到同样身为青梅竹马后辈“狗狗”天枷美春，以及学园偶像白河小鸟，还有在学校吃午餐时，不知为什么总是吃火锅的水越萌和水越真子姐妹……这都只是很平常的生活。这一天，她们也是很平常的度过着。然而，年幼的时候突然搬到美国的芳乃樱出现了。

D.C.的53年之后，粉红色的樱花绽放的小岛，无数的樱花在空中飞舞,终年不绝。整个岛都覆盖在粉红的花海里,时间是冬季。 地面有厚厚的积雪,空中飘着纯白的雪花。这是一个吐出的气会变成白雾,让人不想从被窝里出来的季节。义之看着像在春天里盛开的樱花树，总感觉到有什么东西改变了，遥望着慢慢飘落的樱花，少年想着即将来临的春天，生活在樱花不会枯萎的平凡世界里的少年，拥有平空变出点心和看见他人梦境，这既不平凡也不非凡的能力，在雪花和樱花混合着纷纷飘落的冬季学院里，他和她们邂逅的时候在一名小小的魔法师用最后的魔法乞援的时

一个是就读精英学校万众瞩目的初音音，一个是不学无术负债累累的夏儿，两个从小被分开收养、彼此从未谋面的双胞胎姐妹，因为初音音的一次意外失踪，互换了身份。夏儿因为与寻人启事的照片一模一样而被好心人硬拉去了初明珠家，尽管多次试图解释自己的身份，可众人只是觉得她是失忆，最后稀里糊涂地就以初音音的身份在精英学院里开始了跌爬滚打的生活。真正的初音音却因失忆，流落到了夏儿学校，开始了新的生活，天性骄傲的她不甘堕落，用自己的力量点燃了这所学校的学习热情，在新的生活里明白了拼搏的价值。两个人都在新生活里寻找到了自己生命中缺