故事发生在北海道的函馆，欧洲文化与日本文化相融合，华丽的建筑物林立于街道。在这样的街道上，我们五个人相遇了！乘着命运的巨轮，五人的乐队一起向那个闪耀的舞台，前进！

怪盗基德通过一份预告信宣扬着他的高调回归，也表明了他本次的目标——两把东洼荣龙的短刀。作为怪盗基德一直以来的劲敌，名侦探柯南则对此发出疑问：“他为什么会盯上这个？”对于一位宝石大盗而言，将目标锁定在刀身上，其中一定暗藏玄机。关西名侦探服部平次也向怪盗基德放出狠话，二人在月光下拔刀开战，平次脑中一闪而过的远山和叶，让人回想起平次与基德二人曾经的“一吻之仇”。刀光剑影之下，平次关键一击划破了基德的帽檐与眼镜，怪盗尴尬地露出半张脸，他的真实身份是否会因此暴露？其背后又藏着怎样的真相？

怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说